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Mutuelle auto-entrepreneur : ce qui change par rapport au salarié

En micro-entreprise, on souscrit seul sa complémentaire santé et les cotisations ne se déduisent pas. Pourquoi, et ce qui change au régime réel.

Par Amel Care · Publié le 30 septembre 2026 · 2 min de lecture

Mutuelle auto-entrepreneur : ce qui change par rapport au salarié

Illustration : Une travailleuse indépendante et un groupe de salariés sont reliés par un bouclier santé symbolisant la protection.

En quittant le salariat pour la micro-entreprise, on quitte le plus souvent le cadre collectif de la complémentaire santé : c'est désormais au travailleur indépendant de souscrire lui-même ses contrats. Et sous le régime micro-fiscal, ces cotisations ne se déduisent pas. Voici pourquoi, et ce qui change en passant au réel.

Souscrire reste possible

Un micro-entrepreneur conserve la liberté de souscrire une complémentaire santé ou un contrat de prévoyance pour lui ou ses proches. C'est une démarche individuelle, à mener en fonction de ses besoins propres, puisqu'il ne bénéficie plus du cadre de son ancienne activité salariée. Il peut se tourner vers une mutuelle TNS adaptée aux indépendants en complément du régime obligatoire. Pour choisir votre niveau de couverture, découvrez nos formules et garanties Essentiel, Équilibre et Confort.

L'abattement forfaitaire

Sous le régime micro-fiscal, le revenu imposable n'est pas calculé à partir des dépenses réelles. L'administration applique au chiffre d'affaires un abattement forfaitaire, censé représenter l'ensemble des charges professionnelles de l'entrepreneur.

Pourquoi la déduction est structurellement impossible

Puisque le bénéfice imposable est déterminé après cet abattement, les charges sont déjà prises en compte de manière forfaitaire. Il n'est donc pas possible d'y ajouter une déduction des cotisations réelles de santé ou de prévoyance au titre du dispositif Madelin : ce serait les compter une seconde fois. Ce n'est pas une question de contrat ; même un contrat éligible pour d'autres indépendants ne donne lieu à aucune déduction tant que l'entrepreneur reste au régime micro-fiscal.

Conséquence pratique : le choix du régime fiscal influe directement sur le coût réel de la protection, faute de pouvoir en déduire les cotisations. Si vous couvrez un conjoint ou des enfants, découvrez notre mutuelle santé pour toute la famille.

Ce qui change au passage au réel

Au régime réel, les charges sont retenues pour leur montant exact, et l'article 154 bis du Code général des impôts devient applicable : les cotisations de contrats éligibles peuvent être déduites du revenu professionnel imposable, dans la limite d'un plafond détaillé dans notre article sur le calcul du plafond Madelin. Il s'agit d'une réduction de l'assiette de l'impôt, jamais d'un remboursement ni d'un crédit d'impôt.

Si l'activité se développe et qu'un changement de régime est envisagé, c'est le moment de réexaminer ses contrats avec un expert. L'attestation annuelle de l'assureur, présentée dans attestation Madelin : l'obtenir et la relire, devient alors utile. Le volet retraite Madelin, lui, est fermé aux nouvelles souscriptions depuis le 1er octobre 2020 : voir PER ou Madelin.

Pour évaluer le coût d'une protection selon votre statut, demandez un devis pour une protection santé personnalisée.

Ces informations sont générales et ne constituent pas un conseil fiscal personnalisé. Vérifiez votre situation avec votre conseiller avant toute décision ou déclaration.

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